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Spezifische Wirkstoffinteraktionen von Moxidectin sind nicht bekannt, jedoch verhält sich der Wirstoff bezüglich dessen ähnlich wie Ivermectin, ein verwandter Wirkstoff, und sollte nicht zusammen mit folgenden Wirkstoffen verabreicht werden:
Benzodiazepine
Moxidectin kann die Wirkung von Benzodiazepinen verstärken (Plumb 2011a)
Hunde mit MDR1-Gendefekt
Bei Hunden mit einem MDR1-Gendefekt, darf Moxidectin nicht zusammen mit folgenden Wirkstoffen gegeben werden: