Spezifische Wirkstoffinteraktionen von Moxidectin sind nicht bekannt, jedoch verhält sich der Wirstoff bezüglich dessen ähnlich wie Ivermectin, ein verwandter Wirkstoff, und sollte nicht zusammen mit folgenden Wirkstoffen verabreicht werden:
 

Benzodiazepine

Moxidectin kann die Wirkung von Benzodiazepinen verstärken (Plumb 2011a)
 

Hunde mit MDR1-Gendefekt

Bei Hunden mit einem MDR1-Gendefekt, darf Moxidectin nicht zusammen mit folgenden Wirkstoffen gegeben werden:

-	Amiodaron
-	Carvedilol
-	Clarithromycin
-	Cyclosporin
-	Diltiazem
-	Erythromycin
-	Itraconazol
-	Ketoconazol
-	Quinidin
-	Spironolacton
-	Tamoxifen
-	Verapamil (Plumb 2011a)