Pentosanpolysulfat hat die Summenformel C6H12O12S2 und ein Molekulargewicht von 308,3 (CambridgeSoft 2004a). Das Natriumsalz ist ein geruchloses weisses Pulver, das gut in Wasser löslich ist (O'Neil 2001a).
Siehe auch unter Glykosaminoglykane bezüglich Daten, welche für die ganze Wirkstoffgruppe gelten.