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Blei
Beim Kaninchen wird durch Sulfaquinoxalin die Hepato- und Nephrotoxizität von Blei erhöht (Atef 1994a).
Nystatin
Die orale Verabreichung von Sulfaquinoxalin zusammen mit Nystatin erhöht die Sulfaquinoxalinplasmakonzentration und dadurch auch die kokzidiostatische Wirkung gegen Eimeria tenella (Kahn 1966a).
Trimethoprim
Durch die Kombination von Sulfaquinoxalin mit Trimethoprim kommt es zu einer synergistischen und bakteriziden Wirkung. Das Spektrum der empfindlichen Bakterien nimmt zu, und da sich die minimale inhibitorische Konzentration verkleinert, genügt eine geringere Dosierung, als bei der Anwendung der Einzelpräparate (Spoo 2001a). Durch die kombinierte Anwendung kann zudem die Resistenzentwicklung vermindert werden (van Miert 1994b).